A génese do Hospital de Fafe remonta a 1859, quando foi lançada a primeira pedra. Foi construído maioritariamente com capitais dos filantrópicos «brasileiros de torna-viagem» e inaugurado em 19 de Março de 1863, sendo uma réplica do Hospital da Beneficência que ainda hoje existe no Rio de Janeiro. A necessidade da sua construção deveu-se à inexistência de um estabelecimento hospitalar no concelho, bem como à crónica escassez de meios técnicos e humanos estatais no campo da saúde,reflectindo o paradigma da época.

Efectivamente, as preocupações do poder político centravam-se na justiça e na segurança, pelo que até aí, e desde a Idade Média, a assistência esteve nas mãos da Igreja, de particulares e, a partir do séc. XV, das Misericórdias, que construíram pelo país hospitais para auxiliar os mais pobres,uma vez que os integrantes dos estratos sociais mais favorecidos tinham possibilidades de serem tratados nas suas casas. Assim, durante 112 anos e sob a gestão da Misericórdia, o hospital de Fafe constituiu o único serviço de saúde disponível para grande parte da população até à sua nacionalização em 1975, com a criação do Serviço Nacional de Saúde.

Considerado Hospital Distrital, após obras de remodelação do seu edifício, em 1990 iniciou uma actividade regular prestando apoio aos concelhos de Fafe, Cabeceiras de Basto, Celorico de Basto, Mondim de Basto e franjas de concelhos limítrofes, através dos seus Serviços de Urgência, Medicina Interna, Ortopedia, Cirurgia Geral e Medicina Física e Reabilitação e de outros, não de forma regular, desenvolvendo uma actividade clínica de proximidade, reconhecida como de excelente qualidade.

Mais tarde, em 2007, emergem novos modelos de gestão das unidades hospitalares, transformando-as em entidades públicas hospitalares. É criado o Centro Hospitalar do Alto Ave, no qual é integrado o Hospital de Fafe, por via do Decreto-Lei n.º 50-A/2007 de 28 de Fevereiro.

Recentemente, reconhecendo que “as Misericórdias (…) aliam as exigências técnicas da prestação de cuidados de saúde à sua vocação e tradição multisseculares, à ausência de fins lucrativos e à proximidades das populações”, a tutela deu início ao processo de devolução dos estabelecimentos de saúde, regulado pelo Decreto-lei n.º 138/2013, de 9 de Outubro, e materializado no acordo de cooperação assinado em 14.11.2014 entre a ARS Norte e a Misericórdia de Fafe, o qual entrou em vigor em 01.01.2015, conservando o Hospital de S. José,de Fafe, integrado no Serviço Nacional de Saúde.